Po kontroli podatkowej spółka złożyła we właściwym terminie zastrzeżenia do protokołu z jej przebiegu. Organy zajęły swoje stanowisko, zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej. Następnie spółka ponownie złożyła zastrzeżenia równocześnie z wnioskiem o przywrócenie terminu na ich wniesienie. Organy umorzyły postępowanie w sprawie przywrócenia terminu, argumentując to tym, że wcześniej ustosunkowały się do pierwotnie złożonych zastrzeżeń. Ponadto uznały, że do kontroli podatkowej nie mają zastosowania regulacje dotyczące przywrócenia terminu. Spółka podnosiła, że pierwsze zastrzeżenia złożyła z ostrożności procesowej i miały one charakter fragmentaryczny. Nie wykorzystała zatem uprawnienia przewidzianego w art. 291 § 1 ordynacji podatkowej. Spółka złożyła skargę do WSA, jednak sąd przyznał rację organom kontroli. Pokreślił, że zastrzeżenia można uzupełnić jedynie do czasu rozpoznania przez organ pierwotnego pisma z zastrzeżeniami. W ocenie sądu termin na złożenie zastrzeżeń ma charakter materialnoprawny, gdyż jego upływ powoduje niemożność późniejszej realizacji prawa podatnika. Terminy materialnoprawne nie podlegają przywróceniu. Tym samym nawet gdyby spółka w ogóle nie złożyła zastrzeżeń, nie miałaby prawa do złożenia wniosku o przywrócenie terminu.
Omawiany wyrok porusza trudną problematykę rozróżnienia terminów prawa materialnego i terminów procesowych. Podział ten ma w praktyce doniosłe konsekwencje, bo przywrócić można jedynie terminy procesowe. Terminy prawa materialnego mogą być jedynie odraczane lub przedłużane (z pewnymi wyjątkami określonymi ustawowo). Generalnie przyjmuje się, że terminy prawa materialnego wskazują okres, w jakim dochodzi do ukształtowania praw lub obowiązków danego podmiotu (przykładowo będzie to termin przedawnienia zobowiązania podatkowego czy też terminy przewidziane na wzruszenie decyzji ostatecznej w trybach nadzwyczajnych). Terminy procesowe natomiast wyznaczają okres, w jakim powinny być podjęte określone czynności w toku postępowania podatkowego (np. termin na wniesienie odwołania od decyzji).
Dla stwierdzenia, jaki charakter ma termin na wniesienie wyjaśnień lub zastrzeżeń do protokołu kontroli, szczególnie istotny jest art. 291 § 3 ordynacji podatkowej, który określa skutki upływu tego terminu. Wmyśl tego przepisu powoduje to powstanie domniemania, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli, czyli uznaje wnioski kontrolujących wyrażone w protokole za prawidłowe. Co istotne, obecnie protokół z kontroli musi w każdym przypadku zawierać ocenę prawną sprawy będącej przedmiotem kontroli. Z protokołu kontrolowany powinien dowiedzieć się, jakie kwestie mogą być przedmiotem ewentualnej decyzji.
Złożenie wyjaśnień i zastrzeżeń do protokołu z kontroli może mieć znaczący wpływ na ostateczne rozstrzygnięcie sprawy. Późniejsze kwestionowanie stanowiska zajętego przez kontrolujących w toku postępowania podatkowego może się okazać możliwe dopiero w odwołaniu od decyzji.
