Zasadniczo podatnikowi przysługuje prawo do odzyskania nadpłaty podatku w przypadku jego zapłaty w wysokości wyższej od należnej lub gdy podatek nie jest w ogóle należny Skarbowi Państwa. Jest to podstawowe prawo podatnika wynikające z przepisów ordynacji podatkowej (dalej: o.p.). Jeżeli organ zwróci nadpłatę w ustawowym terminie, to podatnik otrzymuje tylko kwotę nadpłaconego podatku (bez oprocentowania).
Istotny wyłom w przepisach o nadpłacie dotyczy natomiast instytucji zwrotu nadpłaty podatku wynikającej z orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W tej sytuacji – odmiennie niż w klasycznych przypadkach – ustawodawca nakazuje liczyć oprocentowanie już od dnia powstania nadpłaty, o czym stanowi art. 78 § 5 pkt 1 i pkt 2 o.p. Powoduje to w praktyce, że niezależnie od tego, czy organ zwróci nadpłatę w terminie ustawowym, oprocentowanie nadpłaty jest kalkulowane wstecz, a mianowicie od daty wpłacenia podatku. W praktyce może to znacznie zwiększyć kwotę otrzymanego zwrotu z urzędu skarbowego w stosunku do nadpłaty wynikającej z błędnej kalkulacji podatku przez samego podatnika.