Organ podatkowy może kwestionować wielkość strat. Efektem takiego postępowania jest decyzja administracyjna określająca stratę w innej wysokości niż podana przez przedsiębiorcę. Od takiej decyzji, podobnie jak od określającej zaległość podatkową, można się odwołać.
Wydanie decyzji określającej wysokość straty w kwocie innej niż zadeklarowana przez podatnika nie ma żadnego wpływu na wysokość zobowiązania podatkowego za rok, którego dotyczy decyzja (zobowiązanie to, skoro przedsiębiorca i tak ponosi stratę, jest nadal równe zeru). Decyzja ta często ma jednak olbrzymi wpływ na zobowiązania podatkowe za kolejne lata. Wynika to z odliczania przez podatnika zadeklarowanej wcześniej straty od dochodu osiągniętego w kolejnych latach podatkowych.
Przedsiębiorca zadeklarował za 2000 r. stratę w wysokości 900 tys. zł. Zakładając, że osiągał dostatecznie wysoki dochód, mógł stratę odliczyć w kolejnych latach 2001 – 2005 (w każdym z tych lat nie więcej niż 50 proc. straty). Jeśli potem, na skutek przeprowadzonej u niego kontroli, wysokość straty za 2000 r. zostanie określona przez organ podatkowy w wysokości np. 600 tys. zł, może to skutkować niemal automatycznie wydaniem decyzji dotyczących lat, w których strata była odliczona a w których – zdaniem organu podatkowego – przedsiębiorca zaniżył podstawę opodatkowania poprzez odliczenie zbyt wysokiej kwoty.
W takiej sytuacji pojawia się pytanie: do jakiego czasu wydanie takiej decyzji jest możliwe? Skoro ma ona wpływ na rozliczenia podatkowe za lata następne, powinien istnieć termin, po upływie którego jej wydanie nie jest możliwe.
Jedyny przepis w ordynacji podatkowej (op), który wprost mówi o takiej decyzji, to art. 24. Mówi on, że „organ podatkowy, w drodze decyzji, określa wysokość straty poniesionej przez podatnika, jeżeli w postępowaniu podatkowym organ ten stwierdzi, że podatnik nie złożył deklaracji, nie wykazał w deklaracji straty lub wysokość straty różni się od wysokości wykazanej w deklaracji, a poniesienie straty, zgodnie z przepisami prawa podatkowego, uprawnia do skorzystania z ulg podatkowych”. Przepis ten nie mówi jednak nic o okresie, w jakim organ podatkowy może wydać decyzję o określeniu wysokości straty. Zastosowanie przez analogię przepisów o przedawnieniu zobowiązania podatkowego (art. 70 op) nie wydaje mi się możliwe i dopuszczalne. Przepisy o przedawnieniu odnoszą się bowiem wyraźnie do zobowiązań podatkowych, a strata, ze swej natury, nie rodzi zobowiązania podatkowego (mówimy wciąż o ewentualnym przedawnieniu prawa do wydania decyzji określającej wysokość straty, a nie o przedawnieniu zobowiązań podatkowych za lata następne, w których strata została potencjalnie nieprawidłowo odliczona).