Jedną z najważniejszych reguł postępowania podatkowego jest zasada czynnego udziału strony. Jak czytamy w art. 123 § 1 ordynacji podatkowej (op), organy podatkowe muszą zapewnić stronom czynny udział w każdym stadium postępowania, a przed wydaniem decyzji umożliwić wypowiedzenie się co do zebranych dowodów i materiałów oraz zgłoszonych żądań. Ponadto powinny umożliwić podatnikowi przeglądanie akt sprawy oraz sporządzanie z nich notatek, kopii lub odpisów. Podatnik może również żądać uwierzytelnienia odpisów lub kopii akt sprawy bądź wydania z akt uwierzytelnionych odpisów (art. 178 ordynacji podatkowej).
Jak stwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 10 maja 2004 r. (FSK 54/04): "Możliwość zapoznawania się z aktami sprawy, ich przeglądania, sporządzania z nich notatek itp. to (...) uprawnienie podatnika, a nie jego obowiązek. Temu uprawnieniu odpowiada obowiązek organu podatkowego umożliwienia podatnikowi skorzystania z możliwości przewidzianej przepisami prawa".
Ponieważ to urząd decyduje o tym, w jaki sposób przebiega postępowanie, podatnik musi mieć możliwość uczestniczenia we wszystkich czynnościach mających istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. W praktyce oznacza to, że organ podatkowy nie może samodzielnie decydować o tym, że w określonych czynnościach udział podatnika jest zbędny. Jego decyzja powinna zawsze uwzględniać stan faktyczny sprawy i wynikać z konkretnego przepisu ordynacji podatkowej.
Na czym polega czynny udział podatnika w postępowaniu podatkowym? Przede wszystkim na składaniu wniosków dowodowych, np. o przesłuchanie świadków lub o powołanie biegłych. Podatnik może też przedstawiać dowody, np. w postaci opinii statystycznych lub opinii biegłych. Może aktywnie uczestniczyć w przesłuchaniu świadków (zadawać im pytania) lub w oględzinach, składać wyjaśnienia, przedstawiać własne stanowisko co do każdego z przeprowadzonych środków dowodowych itp.
Rezygnacja z czynnego udziału w postępowaniu (świadoma czy też wynikająca zazwyczaj z nieznajomości przepisów prawa proceduralnego) może przyczynić się do wydania przez organ podatkowy niekorzystnej dla podatnika decyzji.