Od 1 września 2005 r. deklaracje podatkowe mogą być korygowane przez urząd skarbowy. Urząd może zrobić korektę "w razie stwierdzenia, że deklaracja zawiera błędy rachunkowe lub inne oczywiste omyłki bądź że wypełniono ją niezgodnie z ustalonymi wymaganiami". Dotyczy to sytuacji, gdy zmiana wysokości zobowiązania podatkowego (kwoty nadpłaty, zwrotu podatku lub wysokości straty) w wyniku korekty nie przekracza 1000 zł. Podatnik, nie zgadzając się z korektą, może wnieść sprzeciw w ciągu 14 dni od doręczenia mu kopii deklaracji, czego skutkiem jest anulowanie korekty.
Przepisy kodeksu karnego skarbowego (dalej k.k.s.) przewidują dwie możliwości uniknięcia odpowiedzialności karnej skarbowej w przypadku korygowania błędów w rozliczeniach podatkowych. Od lat wykorzystywana jest instytucja tzw. czynnego żalu (art. 16 k.k.s.). Przepis ten mówi, że odpowiedzialności karnej skarbowej nie ponosi ten, kto "po popełnieniu czynu zabronionego zawiadomił o tym organ powołany do ścigania, ujawniając istotne okoliczności tego czynu, w szczególności osoby współdziałające w jego popełnieniu". Nie można jednak zastosować czynnego żalu, gdy urząd miał już wyraźnie udokumentowaną wiadomość o popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, a także po rozpoczęciu czynności służbowej, w szczególności przeszukania, czynności sprawdzającej lub kontroli zmierzającej do ujawnienia przestępstwa lub wykroczenia skarbowego. Wynika z tego, że czynny żal nie będzie skuteczny na przykład w razie wykrycia nieprawidłowości w trakcie kontroli podatkowej.
Jednak od 1 września 2005 r. nawet w takiej sytuacji istnieje możliwość uniknięcia odpowiedzialności karnej skarbowej. Zgodnie bowiem z art. 16a k.k.s. nie podlega karze ten, kto złożył korektę deklaracji wraz z uzasadnieniem jej przyczyny i w całości uiścił podatek. Zatem deklaracja korygująca wywiera ten sam skutek co złożenie czynnego żalu, a co więcej - jest możliwa także wtedy, gdy organ podatkowy dowiedział się o nieprawidłowościach w rozliczeniach podatkowych.
Problemów z poprawieniem deklaracji VAT nie mają podatnicy, których kontroluje urząd kontroli skarbowej. Tak wynika z art. 14c wprowadzonego 11 listopada 2006 r. do ustawy o kontroli skarbowej. Nie ma tam ograniczeń przewidzianych w ordynacji podatkowej (które nie pozwalają na korektę deklaracji VAT po zakończeniu kontroli prowadzonej przez urząd skarbowy). Potwierdziło to Ministerstwo Finansów w piśmie z 13 lutego br. (AP13-8012/62/PZ/07/274), w którym czytamy: "Art. 14c ustawy o kontroli skarbowej kompleksowo reguluje kwestię korygowania deklaracji po zakończeniu kontroli skarbowej, w tym korygowania deklaracji w zakresie podatku od towarów i usług. Oznacza to, że art. 81b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa nie ogranicza prawa do korekty tych deklaracji po zakończeniu kontroli skarbowej, która wykazała nieprawidłowości". Szerzej pisaliśmy o tym w DF z 11 czerwca br.
Deklarację możemy też skorygować w trakcie czynności sprawdzających. Nie jest to bowiem kontrola podatkowa. Potwierdził to Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w wyroku z 13 kwietnia 2004 r. (I SA/Łd 620/03). Sąd podkreślił także, że warunkiem skutecznej korekty nie jest jednoczesna zapłata podatku.