Kierując się tym można dość do wniosku, że wszelkie tego rodzaju opłaty są wyłączone z kosztów podatkowych. Pamiętajmy jednak, że rozporządzenie to jest aktem wykonawczym do ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych. W związku z tym nie powinno być podstawą do interpretowania przepisów ustaw podatkowych (o ile nie ma do niego wyraźnych nawiązań w treści tych ustaw).
W piśmiennictwie dość jednolicie przyjmuje się, że do kosztów podatkowych zaliczane są wszelkie opłaty za korzystanie ze środowiska ponoszone w związku z emisją gazów lub pyłów do powietrza, wprowadzaniem ścieków do wód lub do ziemi, poborem wód oraz składowaniem odpadów, o których mowa w art. 273 upoś, jako że nie są płacone w związku z naruszeniem przepisów i warunków prawidłowego korzystania ze środowiska.
Natomiast administracyjne kary pieniężne z tytułu przekroczenia lub naruszenia warunków korzystania ze środowiska, jak również podwyższone opłaty środowiskowe mieszczą się w dyspozycji art. 16 updop. Potwierdził to m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 17 kwietnia 2002 r. (I SA/Gd1691/99). Sąd wskazał, że "podwyższenie o 100 procent opłat za wprowadzenie zanieczyszczeń do powietrza, w przypadku gdy podatnik nie posiada decyzji o dopuszczalnej emisji, należy traktować jako sankcje za nieprzestrzeganie przepisów o ochronie środowiska. W związku z powyższym przedmiotowego wydatku nie można uznać za koszt uzyskania przychodu".
O wyłączeniu z kosztów podatkowych nie przesądza również to, że regulacje odrębnych ustaw posługują się w niektórych sytuacjach pojęciami "odszkodowania" i "szkody". Przykładowo według Urzędu Skarbowego w Lwówku Śląskim (postanowienie z 13 grudnia 2005 r., 423/I/PD/28/3-2/05) wydatek w postaci zapłaty jednorazowego odszkodowania w razie przedwczesnego wyrębu drzewostanu należy uznać za koszt podatkowy. Konieczność jego poniesienia wynika bowiem z decyzji zezwalających na wyłączenie z produkcji gruntów leśnych przeznaczonych na cele nierolnicze i nieleśne, która określa m.in. obowiązek zapłaty tego odszkodowania.
Wydaje się, że analogicznie można traktować wydatki ponoszone przez przedsiębiorstwa energetyczne w związku z ustanowieniem na ich rzecz obszaru ograniczonego użytkowania. W tym wypadku również prawo ochrony środowiska posługuje się pojęciem odszkodowanie, natomiast wydatek ten bezsprzecznie nie ma charakteru sankcyjnego (obszar ograniczonego użytkowania ustanawia się na podstawie upoś, jeżeli w razie zastosowania dostępnych rozwiązań technicznych, technologicznych i organizacyjnych nie mogą być spełnione standardy jakości środowiska na określonym obszarze objętym działalnością przedsiębiorstwa energetycznego).
Warto też zwrócić uwagę na stanowisko Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie (z 7 lutego 2006 r., 1472/ROP1/423-35443/05/AJ), który wskazał, że opłata zastępcza ponoszona przez przedsiębiorstwa energetyczne na podstawie ustawy Prawo energetyczne jest kosztem uzyskania przychodu. Przedsiębiorstwa energetyczne dokonujące obrotu energią elektryczną pochodzącą ze źródeł odnawialnych zobowiązane są do uzyskania i przedstawienia do umorzenia przez prezesa Urzędu Regulacji Energetyki świadectw pochodzenia takiej energii albo poniesienia tzw. opłaty zastępczej. Organ podatkowy uznał, że opłata taka nie pozostaje w dyspozycji art. 16 updop, bowiem podatnik wnosząc ją, wypełnia obowiązki związane z prowadzoną działalnością wynikające z przepisów ustawy.