Odpowiedzialność karna skarbowa nie jest tym samym co odpowiedzialność podatkowa. Nałożenie kary, np. grzywny lub pozbawienia wolności, nie zwalnia z obowiązku zapłaty należnego podatku.
Mogą zdarzyć się przypadki, w których równolegle z postępowaniem podatkowym wszczynane jest postępowanie karne skarbowe. Może również dojść do sytuacji, w której oba postępowania toczą się niezależnie od siebie, tj. organy ścigania uznają, że w danym stanie faktycznym doszło do popełnienia czynu zabronionego, a organy podatkowe nie stwierdzą żadnych nieprawidłowości na gruncie ustaw podatkowych (takie sytuacje to rzadkość). Jest też trzecia możliwość – postępowanie podatkowe może być prowadzone wobec podatnika, który w świetle przepisów kodeksu karnego skarbowego nie popełnił czynu zabronionego (bo np. nie można przypisać mu winy lub działał nieumyślnie).