W poprzednim artykule z cyklu „Kontrola w firmie", który ukazał się 29 lutego 2016 r. (Jak przeprowadzana jest kontrola podatkowa przedsiębiorcy), omówiliśmy kwestię wszczynania kontroli podatkowej i czasu jej trwania oraz wskazaliśmy na środki, jakie przysługują kontrolowanemu w przypadku naruszenia regulacji w tym zakresie.
Od kontroli podatkowej oraz postępowania podatkowego prowadzonych przez organy podatkowe należy jednak odróżnić postępowanie kontrolne prowadzone przez organy kontroli skarbowej. Postępowanie to prowadzone jest co do zasady na podstawie przepisów ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (dalej: u.k.s.). Niemniej na podstawie art. 31 u.k.s. w zakresie nieuregulowanym w tej ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ordynacji podatkowej. Ponadto należy mieć na uwadze, że organ kontroli skarbowej może także w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego przeprowadzić kontrolę podatkową (regulowaną przez przepisy ordynacji podatkowej; dalej: o.p.) na podstawie imiennego upoważnienia udzielonego inspektorom przez organ kontroli skarbowej.