W praktyce rozliczenie umowy-zlecenia następuje najczęściej na podstawie rachunku. Chociaż nie ma podstawy prawnej, która zobowiązywałaby do składania rachunku do każdej umowy cywilnoprawnej (np. zlecenia), to dokument taki powinien być nieodzownym elementem każdorazowej wypłaty wynagrodzenia z tytułu umowy cywilnoprawnej.
Również w przypadku krótkotrwałych umów sezonowych. Rachunek stanowi bowiem potwierdzenie wykonania zlecenia lub poszczególnych jego etapów. Ponadto służy do wskazania odpłatności przysługującej za wykonane zlecenie w konkretnym okresie i właściwego naliczenia składek ZUS oraz zaliczki podatkowej.
Wystawiony przez zleceniobiorcę rachunek, określający termin wypłaty, jest też ważnym dokumentem w razie sporu między stronami. Zleceniobiorca rozlicza się z powierzonych mu zadań, za co wystawia rachunek, a zleceniodawca potwierdza (lub nie), że umówiona praca została (lub nie) prawidłowo wykonana.
Rachunek ma też znaczenie jako dokument księgowy będący podstawą do uznania wypłaty jako kosztu uzyskania przychodu. W interpretacji indywidualnej dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 30 lipca 2010 r. (IPP-B1/415-465/10-4/JB) czytamy: „(…) stwierdzić należy, że rachunki od umów zleceń nie mogą być ujęte w podatkowej księdze, na podstawie jednego dowodu wewnętrznego zawierającego listę rachunków z kwotami brutto oraz numerami rachunków. Spółka cywilna winna koszt podatkowy ewidencjonować w księdze przychodów i rozchodów, na podstawie poszczególnych rachunków od umów zleceń”.
Czasem bez składek
W kwestii ubezpieczeń społecznych podstawą jest ustalenie, czy zleceniobiorca jest już zatrudniony w innej firmie (na podstawie umowy o pracę, umowy cywilnej), czy ta praca będzie dla niego jedyną formą zatrudnienia.