Jak wynika z najnowszej kontroli NIK, kilkadziesiąt zawartych przez Instytut umów na kwotę ponad trzech milionów złotych podpisano z osobą, która nie mogła reprezentować drugiej strony czynności prawnej. Według Izby nieuzasadnione było także zawarcie przez Instytut trzech odrębnych umów cywilnoprawnych z własnym pracownikiem, na zadania które powinny być wykonywane przez niego w ramach umowy o pracę.
Instytut Ochrony Środowiska - Państwowy Instytut Badawczy (IOŚ) prowadził w badanym okresie (czyli od 1 stycznia 2013 r. do 20 maja 2016 r.) działalność komercyjną, w ramach której m.in: formułował oceny i uwagi na temat środków ochrony roślin - co stanowiło główne źródło przychodów IOŚ z działalności komercyjnej, a także opinie o oddziaływaniu nawozów i innych substancji na środowisko. W ocenie NIK, umowy cywilnoprawne w ramach tej działalności były nieprawidłowo zawierane, realizowane i rozliczane.