Organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne decyzją bądź wynikiem kontroli. W wydanej decyzji organ przede wszystkim ustala wysokość zobowiązania podatkowego. Zgodnie z art. 24 ust. 5 u.k.s. jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie sześciu miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, to nie nalicza się odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji, przy czym nie stosuje się tego ograniczenia, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany lub jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu.
Postępowanie zostanie natomiast zakończone wynikiem kontroli przede wszystkim, gdy nie stwierdzono nieprawidłowości lub gdy kontrolowany złożył w przewidzianym do tego terminie korygującą deklarację obejmującą w całości stwierdzone nieprawidłowości.
Od decyzji kończącej postępowanie kontrolne wydanej przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej służy, zgodnie z art. 26 ust. 1 u.k.s., odwołanie do właściwego dla kontrolowanego w dniu zakończenia postępowania kontrolnego dyrektora izby skarbowej lub dyrektora izby celnej (w zależności od właściwości rzeczowej).
Prawomocna decyzja wydana w postępowaniu kontrolnym może być także wzruszona w trybie nadzwyczajnym, tj. np. poprzez stwierdzenie jej nieważności czy wznowienie postępowania.
Odwołanie do ordynacji podatkowej
W tym kontekście należy mieć na uwadze, że art. 31 ust. 1 u.k.s. dotyczący odpowiedniego stosowania do postępowania kontrolnego przepisów ordynacji podatkowej ogranicza stosowanie norm o.p. do postępowania kontrolnego, tj. od momentu jego wszczęcia (co następuje z chwilą doręczenia postanowienia o wszczęciu) do momentu jego zakończenia (co następuje wraz z wydaniem decyzji lub wyniku kontroli i ich doręczenia) i nie rozciąga się na proces wzruszania decyzji. O tym, że do odwołań oraz do wzruszania decyzji organu kontroli skarbowej w drodze nadzwyczajnych środków stosuje się przepisy ordynacji podatkowej nie przesądza ustawa o kontroli skarbowej, lecz art. 2 § 1 o.p., który stanowi, że jej przepisy stosuje się do: podatków, opłat oraz niepodatkowych należności budżetu państwa i budżetów jednostek samorządu terytorialnego, do których ustalania lub określania właściwe są organy podatkowe; opłaty skarbowej oraz opłat, o których mowa w przepisach o podatkach i opłatach lokalnych; innych spraw z zakresu prawa podatkowego należących do właściwości organów podatkowych (Kulicki Jacek, „Kontrola skarbowa. Komentarz", wyd. II, 2013, dostępny w Serwisie Informacji Prawnej LEX).