Potoczna nazwa kontroli krzyżowych wywodzi się z uprzedniego uregulowania tej instytucji w przepisach dotyczących kontroli podatkowej. Tak zwana kontrola krzyżowa przeprowadzana jest jednak w ramach czynności sprawdzających. Instytucja ta znajduje podstawę w art. 274c o.p., przy czym należy mieć na uwadze, że kontrola krzyżowa w opisanej poniżej formie może być także prowadzona przez organy kontroli skarbowej, na podstawie art. 13b ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (dalej: u.k.s.). Kontrolę krzyżową można w uproszczeniu określić jako sposób weryfikowania dokumentów i pozyskiwania materiału dowodowego pochodzącego od kontrahentów kontrolowanego podatnika (Strzelec D., Dowody...).
Zgodnie z art. 274c o.p. organ podatkowy, w związku z postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową, może w ramach kontroli krzyżowej zażądać od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów w zakresie objętym postępowaniem lub kontrolą u podatnika w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności (analogicznie art. 13b ust. 1 u.k.s. nadaje takie uprawnienia osobom prowadzącym kontrolę skarbową) >patrz ramka.
Zakres przedmiotowy oraz podmiotowy kontroli krzyżowej jest istotnie ograniczony. Organ podatkowy może bowiem w tym trybie skierować swoje żądanie jedynie do kontrahenta podatnika, wobec którego wszczęte zostało postępowanie podatkowe lub kontrola podatkowa. Może przy tym zażądać od tego kontrahenta przedstawienia tylko takich danych, które dotyczą transakcji z podatnikiem związanych z zakresem prowadzonego wobec niego postępowania podatkowego bądź kontroli.
W ramach kontroli krzyżowej nie powinno więc być dopuszczalne przeprowadzenie jakiegokolwiek postępowania dowodowego w zakresie szerszym, niż wskazują na to przepisy o.p.
Wyjątkowo po przeprowadzeniu czynności sprawdzających w ramach kontroli krzyżowej organ ma obowiązek sporządzić protokół z przeprowadzonych czynności (art. 274 § 1a o.p.), który ma być dowodem w postępowaniu prowadzonym względem podatnika na podstawie art. 181 o.p. Ważne jest zatem, aby każdorazowo zweryfikować, czy ustalenia zawarte w protokole są oparte na dowodach przeprowadzonych w ramach wyżej opisanych uprawnień przysługujących organom w toku tzw. kontroli krzyżowej oraz czy nie doszło w tym zakresie do naruszenia przepisów regulujących to postępowanie.
Jednolity plik kontrolny
Ustawa zmieniająca o.p. wprowadziła obowiązek przekazywania na żądanie organu podatkowego w toku kontroli krzyżowych ksiąg podatkowych (w całości lub części) oraz dowodów księgowych za pomocą środków komunikacji elektronicznej lub na informatycznych nośnikach danych w postaci jednolitego pliku kontrolnego, tj. pliku o uzgodnionej strukturze logicznej. Co do zasady obowiązek przekazywania danych w formie jednolitego pliku kontrolnego wejdzie w życie dopiero 1 lipca 2016 r., przy czym zgodnie z przepisem przejściowym, tj. art. 29 ustawy zmieniającej o.p., mali i średni przedsiębiorcy w rozumieniu u.s.d.g. do 30 czerwca 2018 r. będą przesyłać dane w tej formie jedynie fakultatywnie.
