W tym przypadku przedsiębiorcy przysługuje skarga do sądu administracyjnego na bezczynność organu. Wnosi się ją na podstawie art. 149 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (dalej „p.p.s.a."). Zgodnie z tym przepisem sąd, uwzględniając skargę na bezczynność, zobowiązuje organ do wydania decyzji lub dokonania czynności w określonym terminie. Jednocześnie stwierdza on, czy bezczynność miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa.
Stwierdzenie tej ostatniej okoliczności jest istotne ze względu na możliwość dochodzenia odszkodowania na drodze cywilnej na podstawie art. 4171 § 3 kodeksu cywilnego. Jak stwierdził gliwicki sąd administracyjny w wyroku z 7 listopada 2012 r. (sygn. akt III SAB/Gl 19/12) brak orzeczenia w zakresie objętym dyspozycją art. 149 § 1 p.p.s.a. uniemożliwia stronie dochodzenie odszkodowania z tytułu niezgodnego z prawem zaniechania organu co do wydania aktu administracyjnego lub dokonania czynności.
Ponadto WSA w Gliwicach wskazał w powyższym orzeczeniu na jeszcze jedną istotną kwestię, a mianowicie, że podane przez przedsiębiorcę we wniosku i oświadczeniu informacje nie podlegają badaniu przez organ dokonujący wpisu. Przedsiębiorca ma obowiązek uzyskać wpis do rejestru gminy, na terenie której zamierza zbierać odpady. W tym celu musi złożyć pisemny wniosek oraz oświadczenie oraz uiścić opłatę skarbową. Oświadczenie oraz wniosek muszą zawierać treści wskazane w art. 9c ustawy z 13 września 1996 r. o utrzymaniu czystości i porządku w gminach (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 391 ze zm., dalej „u.s.d.g.").
Tylko w art. 68 ustawy z 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (t.j. Dz.U. z 2013 r. poz. 672 ze zm., dalej „u.s.d.g.") zawarto przesłanki odmowy wpisu przedsiębiorcy do rejestru w przypadku działalności regulowanej. Są to: wydanie prawomocnego orzeczenia zakazującego przedsiębiorcy wykonywania działalności gospodarczej objętej wpisem i wykreślenie przedsiębiorcy z rejestru działalności regulowanej z przyczyn określonych w art. 71 u.s.d.g., w okresie 3 lat poprzedzających złożenie wniosku. Odmowa wpisu wymaga wydania decyzji.
W innych przypadkach organ prowadzący rejestr musi dokonać wpisu, czyli dokonać czynności materialno-technicznej. Wójt (burmistrz lub prezydent miasta) powinien dokonać wpisu przedsiębiorcy do tego rejestru w terminie 7 dni od dnia wpływu do tego organu wniosku o wpis wraz z oświadczeniem o spełnieniu warunków wymaganych do wykonywania działalności gospodarczej, dla której rejestr jest prowadzony.
