Programy są przygotowywane i wdrażane na podstawie regulacji unijnych, w szczególności rozporządzenia Rady 1083/2006 z 11 lipca 2006, rozporządzenia Komisji nr 1828/2006 z 8 grudnia 2006 oraz rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady nr 1080/2006 (także treść art. 15 ust. 4 pkt 1 ustawy z 6 grudnia 2006 o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, dalej uzppr, zgodnie z którym programy operacyjne to dokumenty, o których mowa w art. 37 ww. rozporządzenia nr 1083/2006).
System realizacji programów operacyjnych bazuje też na innych aktach normatywnych, zaliczanych do powszechnie obowiązujących źródeł prawa. W szczególności są to przepisy ustawy o finansach publicznych z 27 sierpnia 2010.
Jej art. 184 ust. 1 stanowi, że wydatki związane z realizacją programów i projektów finansowanych ze środków europejskich są dokonywane zgodnie z procedurami określonymi w umowie międzynarodowej lub innymi procedurami obowiązującymi przy ich wydatkowaniu.
Jest także wiele rozporządzeń określających szczegółowe warunki ubiegania się i udzielania pomocy w ramach programów operacyjnych, wydanych na podstawie art. 21 uzppr, stanowiącego w ust. 1, że w zakresie, w jakim finansowanie projektów w ramach programów stanowi pomoc spełniającą przesłanki określone w art. 107 traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej albo pomoc de minimis, do tego finansowania mają zastosowanie szczegółowe warunki i tryb udzielania pomocy.
Kluczowe rozporządzenia
Wszystkie uprawnienia instytucji zarządzającej, określone w uzppr, wynikają bezpośrednio z przepisów rozporządzeń unijnych.