Spółka z o.o. zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wydatki na delegacje krajowe członków zarządu i pracowników. Organy podatkowe w trakcie kontroli zakwestionowały dziesięć delegacji. Ustaliły, że w okresie, w którym w ramach delegacji dana osoba powinna przebywać w innych częściach kraju, robiła zakupy materiałów w miejscu prowadzenia działalności przez spółkę.
Spółka twierdziła, że zakupy robią pracownicy, natomiast członkowie zarządu po późniejszym doręczeniu im faktur weryfikują je i podpisują. W jej ocenie, mimo że z faktur wynikało, iż były podpisane w dniu, w którym członek zarządu lub pracownik miał przebywać w delegacji, to faktycznie były podpisane w terminie późniejszym, a delegacja rzeczywiście miała miejsce.
Zdaniem organów podatkowych brak dowodów, że faktury były wystawiane w terminach późniejszych oraz że delegacje miały miejsce, ponieważ spółka przedstawiła tylko potwierdzenia wyjazdów i wypłaty diet. Uznały więc, że zawyżyła koszty uzyskania przychodów, zaliczając do nich diety i koszty przejazdów związane z delegacjami.
WSA w Olsztynie podzielił stanowisko organów podatkowych. Stwierdził, że spółka nie była w stanie wykazać, że delegacje miały miejsce, nie potrafiła określić ich celu, brak w nich było potwierdzenia pobytu osób delegowanych w miejscach docelowych. To podatnik najlepiej wie, jakie koszty ponosi i jakie dowody na to ma w swoim posiadaniu, dlatego powinien udowodnić swoje racje.
Ordynacja podatkowa nie wskazuje jednoznacznie, na kim spoczywa ciężar dowodu w postępowaniu podatkowym. Zasada prawdy obiektywnej skonkretyzowana w art. 187 § 1 nakłada na organ podatkowy obowiązek zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego. Jednak analiza orzecznictwa sądów administracyjnych a także praktyki organów podatkowych na przestrzeni ostatnich lat wskazują na coraz częstszą liberalizację powyższej reguły. Przykładowo NSA w wyroku z 22 maja 2000 r. (I SA/Lu 249/99) uznał, że podatnik nie może czuć się zwolniony od współdziałania z organem podatkowym w realizacji obowiązku wyczerpującego zebrania materiału dowodowego. Z kolei w wyroku NSA z 27 września 2002 r. (I SA/Gd 2024/99) stwierdzono, że art. 187 ordynacji podatkowej nie zwalnia podatnika z obowiązku wykazania twierdzeń, z których mają wynikać dla niego określone skutki prawne i współpracy z organami podatkowymi w celu ustalenia stanu faktycznego w sposób niebudzący wątpliwości.
