Od samego początku obowiązywania ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (j.t. Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm.; dalej ustawa określana będzie skrótem u.p.t.u.) dla stosujących prawo podatkowe były problemy z prawidłowym kwalifikowaniem tzw. premii pieniężnych i formy ich rozliczania dla celów bilansowych i podatkowych. Podatnicy w swoich wnioskach o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej w większości przypadków prezentowali pogląd, że udzielenie premii pieniężnych kontrahentom nie podlega podatkowi od towarów i usług, zaś udokumentowanie takiej transakcji powinno nastąpić poprzez wystawienie noty księgowej (czyli dokumentu bez podatku VAT). Natomiast organy podatkowe konsekwentnie stały na stanowisku, że premia jest wynagrodzeniem za określone zachowanie nabywcy (dokonanie zakupów lub sprzedaży towarów/usług o ustalonej wielkości w określonym czasie). Zdaniem organów podatkowych, tego typu działanie jest niczym innym, jak tylko odpłatnym świadczeniem usług, zatem zgodnie z art. 8 ust. 1 pk 2 u.p.t.u. powinno być udokumentowane fakturą VAT wystawioną przez kontrahenta (beneficjenta premii pieniężnej) i podlegać opodatkowaniu podatkiem VAT (tak np. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji z dnia 30 sierpnia 2010 r. ITP.- P2/443-538/10/KT). Jednakże stanowiska organów podatkowych nie akceptowały sądy administracyjne. Zgodnie z ich ukształtowanym orzecznictwem, zakup towarów powyżej określonej umownie wartości lub ilości nie stanowi żadnego świadczenia usług ze strony kupującego na rzecz sprzedawcy (por. wyrok NSA z 6 lutego 2007 r. sygn. I FSK 94/06, wyrok WSA w Poznaniu z 26 kwietnia 2007 r.; sygn. I SA /Po 287/07, wyrok WSA w Warszawie z 22 maja 2007 r.; sygn. III SA/Wa 4080/06, wyrok WSA w Warszawie z 3 listopada 2008 r.; sygn. III SA/Wa 2023/08, wyrok WSA w Warszawie z 19 stycznia 2009 r.; sygn. III SA/Wa 2056/08). W ostatnim z przywołanych wyroków WSA w Warszawie jednoznacznie stwierdził, że osiągnięcie przez nabywcę towarów określonej umownie wysokości obrotów nie jest usługą w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług. Premia wypłacona przez sprzedawcę z tego tytułu nie jest wynagrodzeniem za świadczenie usług. Nie podlega więc podatkowi VAT. Zdaniem Sądu, za tezą, że osiągnięcie pewnego poziomu obrotów nie jest usługą świadczoną przez kupującego na rzecz sprzedawcy przemawia także wykładnia przepisów unijnych, z których wynika, że jedna transakcja gospodarcza (zakup towaru) nie powinna podlegać podwójnemu opodatkowaniu. Konsekwentnie, w przedmiocie udokumentowania takiej transakcji (przyznanie i wypłata premii), właściwym dokumentem byłaby nota księgowa.
Z możliwością dokumentowania premii pieniężnych notami księgowymi wiązało się jednakże pytanie o prawa do zmniejszenia obrotu u sprzedawcy towaru. Orzecznictwo sądowe było w tym zakresie niejednolite. WSA w Poznaniu, w wyrokach z dnia 30 września 2010 r. (I SA/Po 300/10 i 301/10) podzielił stanowisko organu podatkowego, że gdyby uznać możliwość obniżenia obrotu na podstawie noty księgowej, to zaistniałaby sytuacja, w której otrzymane przez podatnika VAT noty księgowe uprawniałyby go do obniżenia podatku należnego, przy jednoczesnym braku korekty podatku naliczonego przez nabywcę towarów, któremu ten podatnik VAT (sprzedawca) udzielił premii. Ale już WSA w Warszawie, w wyroku z dnia 9 marca 2009 r. (III SA/Wa 2866/08) stwierdził, że:
1) wykładnia gramatyczna art. 29 ust. 4 ustawy o podatku WAT wskazuje, że korekta faktury nie jest jedyną możliwością zmniejszenia obrotu,
2) zgodnie z dyrektywą 2006/112/WE przesłanką wystarczającą dla korekty podstawy opodatkowania jest zaistnienie samego faktu zmniejszenia obrotu, bez konieczności wykazywania tego w jeden konkretny sposób.
Powyższe interpretacje organów podatkowych oraz orzeczenia sądów administracyjnych dotyczyły przypadków, w których, po pierwsze, premia pieniężna przyznawana była przez sprzedawcę kupującemu, a po drugie, pomiędzy sprzedawcą a kupującym istniał bezpośredni stosunek cywilnoprawny (strony tego stosunku były wobec siebie kontrahentami). Z inną sytuacją mamy do czynienia, gdy premię pieniężną przyznaje i wypłaca sprzedawca, a beneficjentem premii nie jest kupujący (kontrahent sprzedawcy) lecz osoba trzecia. Taką sprawę miał do rozstrzygnięcia Naczelny Sąd Administracyjny (wyrok z dnia 03 lipca 2012 r. sygn. akt II FSK 2558/10), który rozpatrywał skargę kasacyjną fiskusa na kanwie sporu z podatnikiem o treść rozstrzygnięcia zawartego w indywidualnej interpretacji podatkowej. We wniosku o interpretację, sprzedawca (dystrybutor leków) wyjaśnił, że sprzedaje leki hurtowniom, które następnie zaopatrują (sprzedają) w nie poszczególne apteki. Dystrybutor przyznawał premie pieniężne nie hurtowniom lecz bezpośrednio aptekom (przyczyny leżały w relacjach handlowych istniejących pomiędzy producentami leków a dystrybutorami), z którymi nie był związany żadnymi umowami gospodarczymi. Sąd uznał, że zdarzenie gospodarcze powodujące obniżkę ceny, tj. uzyskanie rabatu poprzez wypłatę premii pieniężnej, musi zaistnieć między stronami umowy, czyli kontrahentami. Zdaniem sądu, bonusy przyznane przez dystrybutora leków aptekom, które kupowały je od hurtowni, nie miały wpływu na jego przychód.