Postępowanie podatkowe wszczynane jest na podstawie art. 165 ordynacji – na żądanie strony lub z urzędu. Niestety, podatnikowi nie przysługuje prawo do wniesienia zażalenia na jego wszczęcie. Nie powinien też być zdziwiony, że w toku tego postępowania organ podatkowy wyda postanowienie o włączeniu do materiału dowodowego postępowania podatkowego wszystkich materiałów z kontroli podatkowej.
Oprócz tego organ może dalej przeprowadzać postępowanie dowodowe. Jeśli bowiem nie jest do końca zadowolony z materiałów zebranych w trakcie kontroli podatkowej, może prosić podatnika o przedstawienie dodatkowych wyjaśnień lub dowodów (art. 180 i 181 ordynacji). Tych ostatnich może również poszukiwać w innych miejscach – przeprowadzając oględziny lub tzw. kontrole krzyżowe, czyli kontrole u innych podatników. Ich celem będzie sprawdzenie wiarygodności i rzetelności naszych własnych dokumentów. Organy mogą przeprowadzić dowód z opinii biegłego, gdy będzie im zależało na określeniu wartości rzeczy lub nieruchomości, albo dowód z zeznań świadka, gdy będą chciały zweryfikować np. darowizny lub umowy cywilnoprawne.
W ramach postępowania będziemy mieli do czynienia z określonymi w ustawie terminami procesowymi na dokonanie określonych czynności, np. złożenia odwołania. Jeżeli z ważnych powodów (np. pobyt w szpitalu) nie mogliśmy dotrzymać terminu, to nie składamy wniosku o odroczenie terminu, lecz o jego przywrócenie. Razem z takim wnioskiem dokonujemy opóźnionej czynności (np. składamy odwołanie). Wniosek o przywrócenie terminu musi być dobrze uzasadniony i poparty dowodami.Specyficzny jest termin złożenia wyjaśnień lub zastrzeżeń do protokołu kontroli. Ze względu na przepis stanowiący, że w razie braku wyjaśnień i zastrzeżeń w terminie 14 dni należy przyjąć, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli, istnieje pogląd, że termin złożenia wyjaśnień lub zastrzeżeń nie podlega przywróceniu.
Poza tym w ramach kontroli lub postępowania organy podatkowe lub inspektorzy urzędu kontroli skarbowej mogą wyznaczać ad hoc terminy przedstawienia określonych wyjaśnień lub przeprowadzenia dowodów. Terminy takie mają służyć usprawnieniu i przyspieszeniu kontroli lub postępowania, ale nie kosztem naszego czynnego udziału w postępowaniu. Dlatego, jeśli są one zbyt krótkie albo z przyczyn losowych nie będzie możliwe ich dotrzymanie, za każdym razem przysługuje nam prawo do zwrócenia się o ich wydłużenie.
