W kontekście przesłanki publicznego pochodzenia środków szczególny przypadek stanowi wsparcie udzielane przedsiębiorcom prywatnym nie bezpośrednio przez władze publiczne, lecz przez publicznych przedsiębiorców.
Przez przedsiębiorców publicznych rozumie się różnorodne organizmy gospodarcze, niezależnie od ich formy prawnej (a więc zarówno wyodrębnione jednostki instytucji publicznych prowadzące działalność gospodarczą i przedsiębiorstwa państwowe, jak i spółki prawa handlowego) choćby częściowo kontrolowane przez państwo.
Komisja uznaje, że w takim zakresie, w jakim działania przedsiębiorców publicznych można przypisać państwu, udzielane przez nich wsparcie spełnia przesłankę publicznego pochodzenia środków. W świetle orzecznictwa uznaje się, że działań przedsiębiorców publicznych nie można automatycznie przypisywać państwu.
Komisja ma zatem obowiązek wykazać, że określone działania przedsiębiorcy publicznego wynikały z nakazu lub wyraźnej inspiracji władz publicznych, albo też że państwo z zasady wykonuje ścisłą bieżącą kontrolę nad ogółem działalności danego przedsiębiorcy publicznego. W praktyce procesowej niełatwe jest wykazanie, że spółka, której większościowym udziałowcem jest Skarb Państwa, udzielająca wsparcia prywatnemu beneficjentowi nie działała za wiedzą i zgodą państwa, zaś Komisja zapewne jej działania przypisze państwu i traktować będzie jako pomoc publiczną.
Niezależnie od kwestii udzielenia pomocy przedsiębiorcom prywatnym za pośrednictwem przedsiębiorców publicznych, przedsiębiorstwa publiczne same mogą być beneficjentami pomocy. Dla przykładu, pomoc stanowić może wniesienie przez Skarb Państwa kapitału do spółki publicznej na warunkach odbiegających od rynkowych.
Warunek selektywności jest oczywiście spełniony w przypadku pomocy indywidualnej, przyznawanej ściśle oznaczonemu beneficjentowi lub beneficjentom. Niemniej za selektywne Komisja może uznać także wsparcie udzielone wszystkim przedsiębiorcom posiadającym określoną cechę wspólną – działającym w określonym sektorze gospodarki lub regionie kraju, dokonującym inwestycji określonego rodzaju czy podejmującym określone działania gospodarcze (modernizację ze względu na ochronę środowiska, zatrudnienie pracowników znajdujących się w mniej korzystnym położeniu czy działalność badawczo-rozwojową).
Warto jednak pamiętać, że nie każde zróżnicowanie sytuacji przedsiębiorców korzystne dla pewnej ich grupy stanowi automatycznie wyraz selektywności w rozumieniu prawa pomocy publicznej. Nie można bowiem, zdaniem sądów unijnych, uznać za selektywne środków, które stanowią logiczny element systemu prawa krajowego (zwłaszcza prawa daninowego), obiektywnie uzasadniony jego wewnętrzną strukturą.
Dla przykładu, trudno uznać za selektywne zwolnienie z podatku przychodów, w stosunku do których dany przedsiębiorca nie posiadał zgodnie z prawem krajowym możliwości uwzględnienia kosztów uzyskania przychodów. Zwolnienie tego przychodu stanowiłoby bowiem element logicznie korespondujący z brakiem możliwości odliczenia kosztów jego uzyskania, nie zaś instrument selektywnie uprzywilejowujący zwolnionego podatnika w stosunku do innych przedsiębiorców.
Jak łatwo się domyślić, w praktyce procesowej ustalenie, jaka jest wewnętrzna struktura danego systemu krajowego, jaki jest normalny poziom obciążenia przedsiębiorców w jego ramach i czy odstępstwo od tego poziomu jest uzasadnione tą wewnętrzną strukturą, stanowi zazwyczaj jedno z głównych zagadnień w sporze z Komisją.
