Protokół jest sporządzany w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach. Jeden egzemplarz kontrolujący doręcza kontrolowanemu. Stan faktyczny może być dodatkowo utrwalony za pomocą aparatury rejestrującej obraz i dźwięk lub na informatycznych nośnikach danych.

[srodtytul]Co w protokole...[/srodtytul]

Art. 290 § 2 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=3F30AF445F6220E36E109ACCF5CA3072?id=176376]ordynacji podatkowej[/link] wymienia elementy protokołu. Są to np.

- wskazanie kontrolowanego,

- wskazanie osób kontrolujących,

- określenie przedmiotu i zakresu kontroli,

- określenie miejsca i czasu przeprowadzenia kontroli,

- opis dokonanych ustaleń faktycznych,

- dokumentacja dotycząca przeprowadzonych dowodów,

- ocena prawna sprawy będącej przedmiotem kontroli,

- pouczenie o prawie do złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz prawie do złożenia korekty deklaracji,

- pouczenie o obowiązku zawiadomienia organu podatkowego przez kontrolowanego o każdej zmianie swojego adresu dokonanej w ciągu sześciu miesięcy od dnia zakończenia kontroli podatkowej, jeżeli w toku kontroli podatkowej ujawniono nieprawidłowości, oraz o skutkach niedopełnienia tego obowiązku.

Warto zwrócić uwagę, że nie jest to katalog zamknięty. To częsta cecha przepisów o kontroli, że zawierają wyliczenia przykładowe. Protokół może być rozszerzony o inne elementy niż wymienione powyżej. Pozwala to na dostosowanie kształtu tego dokumentu do indywidualnych sytuacji, których ustawodawca nie był w stanie przewidzieć, uchwalając przepisy ordynacji podatkowej. Wiele elementów wymaganych w protokole wynika z przepisów [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=1447B11384FA97374AD50AFC03CCC0D1?id=236773]ustawy o swobodzie działalności gospodarczej[/link]. Uzasadnienie przyczyny braku zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli a także uzasadnienie przedłużenia czasu trwania kontroli umieszcza się zarówno w książce kontroli, jak i w protokole kontroli.

[srodtytul]...i w załącznikach[/srodtytul]

Załącznikami do protokołu kontroli są protokoły z przeprowadzonych dowodów, takich jak zeznania świadków, opinia biegłych. W protokole kontroli mogą być zawarte również ustalenia dotyczące badania ksiąg w zakresie przewidzianym w art. 193 ordynacji podatkowej. Przepis ten dotyczy problemu wadliwości i rzetelności ksiąg podatkowych. Organ podatkowy może stwierdzić, że księgi podatkowe są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy. Wtedy w protokole badania ksiąg określa, za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ksiąg za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów.

Jeżeli takie badanie ksiąg zostało przeprowadzone w czasie kontroli, kontrolerzy nie muszą sporządzać odrębnego protokołu na podstawie art. 196 § 6 ordynacji podatkowej, aby dopełnić formalnych wymogów niezbędnych do uznania ksiąg podatkowych za niewiarygodne. Potwierdził to [b]wyrok NSA z 7 stycznia 2008 r. (FSK 391/08). Sąd stwierdził, że „w protokole kontroli mogą być zawarte również ustalenia dotyczące badania ksiąg w zakresie przewidzianym w art. 193. W tym wypadku nie sporządza się odrębnego protokołu badania ksiąg, o którym mowa w art. 193 § 6”[/b].

Tym samym więc przyjąć należy, że w świetle przywołanych wyżej przepisów brak jest podstaw do sporządzania przez inspektora kontroli skarbowej odrębnego protokołu z badania ksiąg, jeśli dane w sporządzanym przez niego protokole kontroli zawierają informacje przewidziane w przepisie art. 193 § 6 ordynacji podatkowej.

Do protokołu jest także dołączana adnotacja o odmowie złożenia przez kontrolowanego oświadczenia o rezygnacji z prawa do uczestniczenia w czynnościach kontrolnych.

[srodtytul]Można wnieść zastrzeżenia[/srodtytul]

Kontrolowany, który nie zgadza się z ustaleniami protokołu, może w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia. Ma prawo wskazać równocześnie stosowne wnioski dowodowe. Kontrolujący ma obowiązek rozpatrzyć zastrzeżenia. W terminie 14 dni od dnia ich otrzymania ma zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia. Nie może to być wybiórcze załatwienie sprawy. Organ kontrolny musi też odnieść się do zastrzeżeń, których nie uwzględnił, niezbędne jest zatem uzasadnienie faktyczne i prawne.

Rezygnację z umieszczania zastrzeżeń w protokole warto dokładnie przemyśleć. W razie niezłożenia wyjaśnień lub zastrzeżeń przyjmuje się, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli. Może to mieć znaczenie, gdy podatnik będzie podważać wyniki kontroli w czasie postępowania podatkowego lub rozpatrywania skargi przez sąd.

Wtedy pojawia się problem wyjaśniania, dlaczego nie podniósł określonych zastrzeżeń co do kontroli już na etapie zapoznawania się z protokołem.

[ramka][b]Konsekwencje nieprawidłowości[/b]

Gdy kontrola podatkowa stwierdzi nieprawidłowości, sytuacja podatnika znacznie się pogarsza. Nie ma znaczenia, czy są one istotne, czy nieistotne.

I tak, jeżeli w toku kontroli podatkowej ujawniono nieprawidłowości, kontrolowany ma obowiązek zawiadomienia organu podatkowego o każdej zmianie swojego adresu dokonanej w ciągu sześciu miesięcy od dnia zakończenia kontroli podatkowej.

W razie niedopełnienia tego obowiązku postanowienie o wszczęciu postępowania podatkowego uznaje się za doręczone na adres, pod który doręczono protokół kontroli (art. 291b ordynacji podatkowej). To bardzo uciążliwa sankcja. Dla obciążania podatnika obowiązkiem tego typu nie jest ważna skala nieprawidłowości.

Z kolei na podstawie art. 165b § 1 ordynacji podatkowej, w razie ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego oraz niezłożenia przez podatnika deklaracji lub niedokonania przez niego korekty deklaracji w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości, organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej, nie później niż w terminie sześciu miesięcy od zakończenia kontroli.

Tego przepisu nie stosuje się, gdy złożone przez kontrolowanego wyjaśnienia lub zastrzeżenia do protokołu kontroli zostały w całości uwzględnione przez kontrolujących. Przy czym postępowanie podatkowe może być wszczęte także po upływie sześciu miesięcy od zakończenia kontroli podatkowej, jeżeli:

- podatnik dokona ponownej korekty deklaracji,w której nie zostaną uwzględnione nieprawidłowości ujawnione w kontroli podatkowej;

- organ podatkowy otrzyma informacje od organów podatkowych lub od innych organów uzasadniające wszczęcie postępowania podatkowego. [/ramka]