Przywilej zakładów został ograniczony w praktyce do kilku opłat. Przepisy mówią tymczasem, że nie uiszczają one opłat, z wyłączeniem sankcyjnych i skarbowych. Chodzi o art. 31 ust. 1 pkt 2 ustawy z 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (DzU nr 776, poz. 123 ze zm.; dalej ustawa). Wydawałoby się więc, że poza wymienionymi wyjątkami nie ponoszą one żadnych opłat. Jest jednak inaczej. Różne instytucje kwestionują bowiem ich prawo do ulgi i żądają pieniędzy za swoje usługi.
Cytowany przepis figuruje w tym samym artykule i ustępie, gdzie zostały uregulowane zwolnienia z podatków. Dlatego trzeba przyjąć, że zakłady pracy chronionej są zwolnione jedynie z opłat o charakterze publicznoprawnym. Muszą natomiast uiszczać cywilnoprawne, o losie których powinny decydować strony umowy, a nie prawo. Pogląd ten podziela Ministerstwo Pracy i Polityki Społecznej, będące gospodarzem ustawy, w „Stanowisku w sprawie zwolnienia zakładów pracy chronionej z opłat” (BON.III.02931/70/2003/AMP). Jako przykład cywilnych podaje opłaty:? za wieczyste użytkowanie gruntów – z ustaw o gospodarce nieruchomościami oraz o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa,? abonamentowe – z ustawy o radiofonii i telewizji.
Mimo wysiłków resortu i stworzenia powyższej interpretacji zakłady pracy chronionej nie wiedzą, których opłat mogą uniknąć. Organy zobowiązane do poboru różnych należności nie honorują bowiem ich prawa do preferencyjnego traktowania wynikającego z art. 31 ustawy. Przykładowo Sąd Najwyższy zakwestionował 30 czerwca 2005 r. (IV CK 771/04) opłatę drogową. Sąd stwierdził, że opłaty pobierane przez Transportowy Dozór Techniczny nie przysługują za czynność z zakresu administracji państwowej, nie mają więc charakteru zobowiązań publicznoprawnych, lecz cywilnych. Stanowią jedynie zwrot kosztów ponoszonych przez ten podmiot. Rodzaj i sposób wykonywania czynności sprawdzających przez jednostkę dozoru administracyjnego nie uzasadnia stanowiska, że mieszczą się one w ramach postępowania administracyjnego, a brak jest także podstaw prawnych do dochodzenia należnych za nie opłat w trybie administracyjnym – uzasadniał SN. Podobny pogląd znajdziemy w wyroku Sądu Rejonowego dla Krakowa-Podgórza (I C 229/06/P). Urząd Dozoru Technicznego – powołując się na te orzeczenia – przestał także udzielać zakładom pracy chronionej od czerwca bieżącego roku zwolnień za wykonanie dozoru. Uznał, że działa na takich samych zasadach co Transportowy Dozór Techniczny.
Sądy również domagają się zapłaty za świadczone czynności od zakładów pracy chronionej. Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w postanowieniu z 26 kwietnia 2004 r. (FZ 4/04) uznał, że art. 31 ust. 1 pkt 2 ustawy nie ma zastosowania do opłat w postępowaniu sądowym. Opłaty sądowe (wpis i opłata kancelaryjna) określa bowiem kompleksowo w dziale piątym prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. A prawo nie przewiduje zwolnienia dla stron prowadzących zakład pracy chronionej. Art. 241 dopuszcza możliwość zwolnienia od obowiązku uiszczania kosztów sądowych przez inne przepisy prawa. Owe inne przepisy muszą jednak wprost zawierać zwolnienie od obowiązku uiszczania kosztów sądowych w ogóle bądź ich części w postaci opłat sądowych. W przypadku ustawy tak jednak nie jest, gdyż mówi ona ogólnie o opłatach. W takim samym kierunku idą uchwały Sądu Najwyższego z 29 października 2003 r. (III CZP 69/03) oraz z 2 grudnia 2003 r. (III CZP 91/03).
Zakładom pracy chronionej odmawia się także darmowych badań technicznych pojazdów. Stacje kontroli pojazdów pobierają od nich opłaty, bo mają one charakter cywilnoprawny. Nie ma przy tym znaczenia, że wysokość opłat ustala rozporządzenie ministra infrastruktury z 29 września 2004 r. (DzU nr 223, poz. 2261 ze zm.). Spółki eksploatujące autostrady postępują podobnie i żądają od nich opłat za przejazd. Upierają się, że mają one charakter cywilnoprawny. Ponadto ustawa o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym zwalnia z opłat jedynie pojazdy uprzywilejowane. Zakłady muszą też regulować opłaty abonamentowe za używanie odbiorników radiofonicznych oraz telewizyjnych. Zabrakło ich bowiem w katalogu podmiotów zwolnionych z tych opłat w art. 4 ust. 1 ustawy o opłatach abonamentowych (DzU nr 85, poz. 728).
