W toku postępowania kontrolnego organy gromadzą dowody, na podstawie których są w stanie wyjaśnić stan faktyczny danej sprawy. Poniżej zostały wskazane wybrane zagadnienia związane z poszczególnymi, najczęściej spotykanymi w toku kontroli podatkowej środkami dowodowymi.
1. Deklaracje
W przypadku zobowiązań powstających z mocy prawa przepisy ordynacji podatkowej stanowią o domniemaniu prawidłowości wysokości podatku wynikającego z rzetelnie i prawidłowo wypełnionej deklaracji (art. 21 § 2). Zgodnie natomiast z art. 21 § 3, jeżeli jednak w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, to organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego.
Tym samym należy uznać, że choć deklaracja jest szczególnym dokumentem prywatnym, ponieważ albo zawiera informacje pozwalające ustalić zobowiązanie podatkowe, albo wprost określa wysokość tego zobowiązania (domniemanie prawdziwości), to gdy organ podatkowy jest w posiadaniu innych dowodów, które pozwalają zakwestionować prawdziwość danych wynikających z deklaracji, domniemanie to zostanie obalone.
2. Księgi
Księgi podatkowe to zgodnie z art. 3 pkt 4 o.p. księgi rachunkowe, podatkowa księga przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry, do których prowadzenia, do celów podatkowych, na podstawie odrębnych przepisów, obowiązani są podatnicy, płatnicy lub inkasenci. Księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów (art. 193 § 1 o.p.). Mamy zatem w tym przypadku do czynienia z domniemaniem, że miały miejsce zdarzenia gospodarcze w wymiarze opisanym w księgach podatkowych oraz że ich przebieg był taki, jak wynika z tych ksiąg.
Muszą być rzetelne...
Zgodnie z art. 193 § 2 o.p. księgi podatkowe uważa się za rzetelne, jeżeli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty. Zgodnie z orzecznictwem sądów administracyjnych sam błąd w stosowaniu przepisów np. prawa podatkowego nie powinien powodować nierzetelności prowadzonych w tym zakresie ksiąg. Zgodnie z wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 17 grudnia 2009 r. (III SA/WA 1079/09) „Pojęcie nierzetelności i rzetelności ksiąg odnosi się do zniekształcenia stanu faktycznego. Nierzetelność nie ma natomiast związku z błędami w stosowaniu prawa".