Zanim jednak pracownik zostanie ukarany, ustala się okoliczności naruszenia obowiązków przez pracownika oraz to, czy zasadnie wszczęto przeciwko niemu postępowanie dyscyplinarne. Na tym etapie samorządowiec ma prawo składać wyjaśnienia. Postępowanie wyjaśniające może zakończyć się zaniechaniem dalszego postępowania dyscyplinarnego, nałożeniem na pracownika kary porządkowej lub skierowaniem sprawy do komisji dyscyplinarnej. Ta po przeprowadzeniu postępowania wymierza karę. Uwzględnia przy tym stopień winy, szkodliwość społeczną i skutki czynu, a także zachowanie obwinionego przed naruszeniem obowiązków i po popełnieniu czynu niedozwolonego. Gdy dopuścił się on kilku naruszeń, wymierza karę łączną. Niewykluczone jest też uniewinnienie pracownika, umorzenie postępowania dyscyplinarnego albo odstąpienie od ukarania, jeżeli jego przewinienie nie jest poważne.
Pozostali pracownicy samorządowi, czyli zatrudnieni na innej podstawie niż mianowanie, odpowiadają według kodeksu pracy. Ale ponoszą pełną odpowiedzialność za dodatkowe szczególne obowiązki z racji pełnionych funkcji w organach samorządu.
Gdy pracownik nie przestrzega ustalonej organizacji i porządku pracy, przepisów bhp, przeciwpożarowych, a także przyjętego sposobu potwierdzania przybycia i obecności w pracy oraz usprawiedliwiania nieobecności, przełożony może zastosować karę upomnienia lub nagany (porządkową). Dodatkowo wolno nałożyć na niego karę pieniężną.
Natomiast kodeksową karą dyscyplinarną jest zwolnienie pracownika z pracy bez zachowania przysługującego mu okresu wypowiedzenia. Musi to jednak wynikać m.in. z ciężkiego naruszenia podstawowych obowiązków pracowniczych.