Świadczeniodawca jest zobowiązany udostępnić do wglądu pomieszczenia, sprzęt i dokumenty. Może on składać oświadczenia, które kontroler ma obowiązek przyjąć, jeśli dotyczą przedmiotu kontroli.
Kontrolerzy NFZ ustalają stan faktyczny, zbierając dowody, którymi są dokumenty, zestawienia, analizy, a także ustne i pisemne wyjaśnienia świadczeniodawcy lub jego pracowników. Kontroler może się domagać ustnych lub pisemnych wyjaśnień i informacji od kierownika placówki oraz innych pracowników. W tym celu sporządzane są protokoły np. odebrania wyjaśnień ustnych, oględzin. Powinny one zostać utrwalone przez kontrolera na piśmie i podpisane przez osobę, która je złożyła, oraz kontrolera. Są one załączane do akt kontroli. Akta służą wyłącznie do użytku służbowego, jednak kierownik kontrolowanego podmiotu ma prawo żądać wglądu do nich i sporządzania odpisów na każdym etapie postępowania.
W razie stwierdzenia w toku kontroli nieprawidłowości kontroler jest zobowiązany uzyskać wyjaśnienia na temat okoliczności i przyczyn ich powstania od osób bezpośrednio odpowiedzialnych za ich powstanie lub od kierowników komórek organizacyjnych, w których je stwierdzono. W miarę możliwości warto usuwać skutki nieprawidłowości w trakcie kontroli, co powinno pozytywnie wpływać na oceny w wystąpieniu pokontrolnym.
Ustalenia w protokole
Z przebiegu kontroli sporządza się protokół, zawierający poczynione ustalenia, stanowiący później podstawę wystąpienia pokontrolnego. Dopiero w wystąpieniu pokontrolnym zawarte mogą być zalecenia pokontrolne i ewentualne sankcje związane ze stwierdzonymi nieprawidłowościami.
W protokole powinien się znajdować zwięzły opis stwierdzonego podczas kontroli stanu faktycznego, podstawy prawne dotyczące ustaleń oraz stwierdzone nieprawidłowości. Protokół powinien być rzetelny i obiektywny, nie powinien zawierać oceny działalności świadczeniodawcy – ta zawarta jest z reguły dopiero w wystąpieniu pokontrolnym. Ustalenia protokołu kontroli powinny być poparte zebranymi przez kontrolerów dowodami. Protokół sporządzony w dwóch egzemplarzach podpisują kontrolerzy, a następnie oba egzemplarze przedkładane są do podpisu kierownikowi kontrolowanej placówki medycznej.